Version 3.x
| Vue principale | |
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 Vue d'ensemble de V_Sim : à gauche le panneau de commande et sur la droite la fenêtre de rendu représentant ici une molécule en train de vibrer. V_sim utilise deux fenêtres principales, une pour dessiner l'ensemble des noeuds et une autre avec toutes les commandes et les outils de configuration. Le manuel utilisateur [anglais] donne de plus amples détails à ce sujet. |
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| Aperçus de la version 3.6 (en développement) | |
 The pair dialog has been reworked a bit to allow to use several rendering mode for each pair. One can easily set-up a cylindrical pair rendering for bulk silicon distance and use a dashed line for some specific defect distance in the same silicon for instance.  The pair dialog has tabs now. The first one is still used to defined pairs between species. The second is used to plot a bond length distribution, i.e. the g(r) function. The graphs shows the bobnd length distribution for a given species or for all, and can detail the distribution between different chemical species. On the shown example, the distribution is displayed for silicon atoms. Grey bars represent the distribution for all silicon atoms, while coloured lines represent the distribution for silicon with silicon (green) or silicon with hydrogen (white). In addition, one can use this tool to display some information, like the number of neighbour in a certain distance range, or the mean length value in a certain range also.  Following the positions of atoms during a geometry evolution (saddle point search or geometry optimisation) is possible using the paths. The total energy of the system codes the colour projection on lines. On the given screenshot, arrows have been added using Inkscape as post-processing. |
 The SVG and PDF exportation file formats have been extended. They support now:
 Improvements of the coloured maps, adding marks in the legend for the iso-lines and creating identical iso-lines on all cutting planes. Internally, the rendering has been changed to use an adaptive mesh.  The quick pick with right click on a node in the rendering window can now print coordinates either in cartesian values or in reduced values, thanks to an option in the configuration tab.  Usage of GObject Introspection allows to script V_Sim in Python or other languages. A tab has been added to easily load and execute Python scripts. This capability is still experimental and requires last versions of GObject Introspection (> 1.9) and PyGObject (>2.28). In this example, a new input file format is added to V_Sim to read CNT files from VASP. |
| Nouveautés de la version 3.5 | |
Python module Avec la compilation d'un module Python depuis les sources de V_Sim, il est possible d'appeler un ensemble de routines de rendu depuis Python. Dans cet exemple, un programme Python lit un fichier d'entrée d'ABINIT et pour chacun des datasets de ce fichier peut dessiner la configuration atomique correspondante. Les appels depuis Python sont fait de la façon suivante:
O = v_sim.element("O", rgba=(1., 0.2, 0., 1.))
H = v_sim.element("H", rgba=(0.2, 0.4, 0.5, 0.3))
data = v_sim.data()
data.setPopulation({O:1, H:2})
data.addNode(O, (2.5, 2.5, 2))
data.addNode(H, (1.5, 2.5, 1))
data.addNode(H, (3.5, 2.5, 1))
data.setBox((5., 0., 5., 0., 0., 5.), True)
Évolution de géométrie Il est souvent nécessaire de bien comprendre les déplacements atomiques lors d'une relaxation de géométrie ab initio ou lors d'un calcul de chemin de réaction. En cochant une simple case, lorsqu'un nouveau fichier est chargé, les atomes ayant bougés sont mis en évidence par des flèches, permettant de visualiser la direction et l'amplitude même pour les faibles déplacements. Pour les déplacements les plus grands, la distance est aussi affichée. Utilisation avancée de la caméra En utilisant les touches « s » et « r » il était déjà possible de sauvegarder ou de restaurer une configuration précise de la caméra. Cette capacité a été étendue et on peut maintenant enregistrer et naviguer parmi un nombre arbitraire de positions. Une petite icône cliquable a fait son apparition dans le coin bas droit de la fenêtre de rendu et permet au travers d'un menu déroulant de connaître les positions enregistrées et de les rappeler. |
Vibrations et phonons Grâce au travail de Jérémy Blanc, V_Sim peut maintenant animer des vibrations dans des molécules ou des phonons dans des solides. Un nouvel onglet permet d'afficher une liste de phonons disponibles. On peut ensuite naviguer parmi ceux-ci. En mode animation, les atomes bougent selon leur propriétés de vibration. De plus les vibrations peuvent être représentées par des flèches. Petits films disponibles :
Dans les solides, la partie imaginaire des déplacements est prise en compte ainsi que le déphasage induit par le produit q.r. Multiples cartes de couleurs L'onglet de gestion des cartes de couleurs a été un peu modifié :
Mesures de distances et d'angles En plus de la fonctionnalité précédente d'afficher des distances, il est possible maintenant d'afficher des angles. Un outils pratique est accessibles en interactif pour obtenir l'ensemble des distances et des angles pour un noeud donné (disances premiers-voisins et angles associés). À propos des unités physiques Pour les formats de fichiers le permettant, on peut définir une unités de mesure et passer rapidement de Bohr à Angström ou inversement. |
| Nouveautés de la version 3.4 | |
Plus d'outils pour les surfaces Plusieurs nouveaux petits outils ont été implémentés pour gérer les surfaces d'une façon plus fine. Ainsi, les surfaces sont maintenant nommées (comme avant) ou non. Dans ce dernier cas, les ressources de la surface lui sont privées (ce qui signifie que les propriétés comme les couleurs ou le rendu ne sont appliqués qu'à la surface en question). Un bouton spécial d'ajout a fait son apparition pour permettre de rajouter plusieurs surfaces à la volée (suivant un pas donné ou en demandant n surfaces). Enfin, les surfaces sont maintenant sensible à l'effet de masquage des plans (configurable par surface) Aperçu dans les fenêtres « ouvrir » Aussi bien en mode de rendu atomique qu'en mode rendu de spin, les fenêtres « ouvrir » propose un aperçu du fichier sélectionné. Une image est dessinée représentant les éléments et la boîte selon l'angle courant de la caméra. Une liste des éléments présents est aussi disponible. Net et souligné Un mode de rendu permettant de mettre les polygones en évidence est disponible. Elle peut par exemple être utilisée sur les plans pour les faire ressortir. Elle peut être appliquée à tous les éléments dessinés, plans, surfaces ou autres. On aperçoit aussi sur cette copie d'écran la coupure par les plans d'une surface. Des polygones ont été rajoutés pour permettre une limite lisse, suivant parfaitement le plan. Image de fond Une image peut être choisie comme fond à superposer sur la couleur uniforme habituellement utilisée. L'image garde son rapport d'échelle mais s'étend pour occuper la fenêtre de rendu. Une
application possible de cette fonctionalité consiste à superposer une
image de microscopie électronique avec une modélistaion atomique. La
copie d'écran donne l'exemple d'une interface d'or incommensurable avec une
reconstruction de surface en chevron. Le modèle atomique
sur-imprimé, représente la configuration stable du système relaxée par
potentiel inter-atomique, lire l'article publié par F. Lançon, T. Radetic et
U. Dahmen dans |
Navigation profonde Le navigateur a été amélioré pour permettre de visualiser plusieurs répertoires à la fois. La première utilisation de ceci est de permettre un affichage récursif des sous-répertoire du répertoire en cours. Sélection étendue de l'orientation À chaque fois que le choix d'une orientation est possible (pour les plans ou pour la position de la caméra par exemple), il est possible d'ouvrir une fenêtre de dialogue proposant d'entrer celle-ci aussi bien dans un repère orthonormé, que dans le repère de la boîte ou encore suivant des coordonnées sphériques. Duplication périodique de la boite En plus des translations periodique à l'intérieur de la super-cellule, la duplication permet d'étendre le système dans les trois directions de l'espace. L'extension est graduelle et permet de rajouter quelques pourcents de système jusqu'à 5 fois la taille du système original. Toutes les fonctions sont étendues, comme les plans, les liaisons ou les isosurfaces. Réglages fins des liaisons Il est possible de déclarer plus d'un critère de distance pour un type de liaison donné. Ceci permet de mettre en évidence par exemple différents degrés d'ordre dans un système. Pour les liaisons filaires, il est possible de donner un motif de pointillés. Enfin, un bouton « automatique » permet de calculer simplement les distances des liaisons des premiers voisins. |
| Nouveautés de la version 3.3 | |
Rendu spins et atomes Il est possible de visualiser en même temps une information de spin, représentée par les flèches ; tout en gardant un rendu des atomes. D'autres options permettent par ailleurs de choisir le rendu des spins lorsque leur module est nul : ne rien afficher, afficher tout de même des flèches ou rendre simplement les atomes à la place. Représentations de densités L'onglet iso-surface a été modifié pour permettre le chargement direct de champs scalaires. Des surfaces peuvent être ajoutées, modifiées ou retirées à la volée. Le nom d'une iso-surface devient aussi modifiable. Grâce aux greffons, des densités peuvent être lues à partir de fichiers se conformant aux spécifications isuues des travaux de Nanoquanta (cf. la page sur l'ETSF). |
Données associées aux noeuds Dans la fenêtre de dialogue d'interactions, les données sur les noeuds sélectionnées sont rassemblées dans un tableau. Ceci permet de connaître les valeurs associées à la colorisation par exemple ; ou encore la direction d'un spin. Dans ce dernier cas, les valeurs sont en plus modifiables à la volée. Carte de couleurs Un nouvel onglet permet le dessin d'un plan de coupe d'une densité. Le plan est choisi grâce à l'onglet des plans et la densité parmis les champs scalaires de l'onglet iso-surfaces. Plusieurs dégradés colorés sont disponibles et une légende est dessinée permettant de visualiser les valeurs minimales et maximales du champ scalaire. |
| Nouveautés dans la version 3.2 | |
Affichage des mesures Dans la boîte de dialogue de sélection, il est maintenant possible de faire s'afficher sur la fenêtre de rendu les distances mesurées. Ces marques sont persistantes, et permettent de suivre par exemple l'évolution d'un paramètre au cours du défilement d'un ensemble de fichiers représentant une dynamique moléculaire ou un autre type de relaxation géométrique. Ligne de commande Les actions accessibles à partir de la ligne de commande ont été étoffées. Il est désormais possible de dessiner un ensemble de plans ou d'appliquer des translations dès le lancement de V_Sim. Les fonctionnalités de colorisation sont aussi accessibles à partir de la ligne de commande. |
Plus d'informations La fenêtre de rendu a été modifiée pour accueillir une barre permettant d'inscrire des informations utiles comme la distance mesurée entre deux atomes, une aide contextuelle... Une ligne affiche aussi désormais le nombre d'atomes total, ainsi que le commentaire associé au fichier (si le format le permet). Coloration automatique L'onglet de colorisation a été retravaillé pour une meilleure accessibilité. En particulier, il existe maintenant des dégradés colorés prédéfinis pour les plus usuels (du bleu au rouge...). Par ailleurs, le fichier de colorisation peut être automatiquement chargé à partir du motif du nom de fichier rendu. Enfin, une fonction de masquage des atomes a été rajoutée. Elle permet de se focaliser sur les atomes dont la valeur observée est importante. |
| Nouveautés dans la version 3.1 | |
Plans de coupe Ce nouvel onglet permet de gérer le dessin de plans de coupe. Ces plans sont définis par un vecteur normal et une distance à l'origine. Plusieurs plans peuvent être affichés en même temps. De plus chacun des plans peut cacher les noeuds d'une demi-région de l'espace. Si plusieurs sont affichés, les noeuds dessinés sont ceux qui ne sont masqués par aucun plan. Rendu de spins Il est désormais possible de dessiner des flèches à la place des sphères (c'est-à-dire des objets définis par leur position et par leur orientation dans l'espace). Ceci sert en particulier à représenter des spins portés par les atomes en magnétisme. La coloration des flèches peut être réalisée selon l'orientation de celles-ci de façon à faire ressortir leur positionnement. |
Représentation de surfaces V_Sim intègre désormais le code du logiciel « Visualize » de Luc Billard, permettant de dessiner des surfaces. On peut ainsi représenter des iso-densité électronique ou des surfaces complexe délimitant deux zones... Par ailleurs, une interface permet la génération automatique de fichiers de surfaces à partir de la description d'un champ scalaire (cf. la description des formats [anglais]). Application de translations périodiques Dans la fenêtre de dialogue d'observation et de sélection, un outil de translation a fait son apparition. Il permet de translater à l'intérieur de la boîte les éléments représentés. Sur la copie d'écran, la sphère de spins a été translater dans les coins de la boîtes et ensuite été coupée par un plan. Il faut toutefois noter que la translation ne s'applique que si la boîte est issu d'un fichier gérant la périodicité (*.ascii ou *.d3, cf. les formats d'entrée [anglais]). |
| Nouveautés dans la version 3.0 | |
Gestion des liaisons La fenêtre de gestion des liaisons a été un peu modifiée. Elle permet dorénavent de choisir des couleurs par type de liaison. En plus des liaisons représentées par un trait, est venu s'ajouter la possibilité de tracer des liaisons cylindriques, leur couleur étant au choix, celle de l'atome auquel elle est liée ou simplement définie par l'utilisateur. Onglet navigation L'onglet navigateur permet maintenant de faire défiler un ensemble de fichiers à vitesse réglable, idéal pour suivre un processus. D'autant que la fonction « observe » reste accessible et permet de changer la vue pendant le défilement. |
Onglet OpenGL L'onglet OpenGL permet de régler certains paramètres du rendu comme la qualité du dessin, l'antialiasing des lignes ou le type de dessin (lisse, facetté ou en fil de fer). Onglet colorisation Ce nouvel onglet permet au travers d'un fichier contenant des données numériques pour chaque atome de représenter ces données grâce à une échelle de couleur appliquée sur les atomes. |